Die Innenräume wurden im Jahre 2016 anlässlich des 100-jährigen Jahrestags des Todes des Kaisers Franz Joseph I. zugänglich gemacht. Die Führungsrunde umfasst die Treppe der Kaiserin, das Appartement der Mutter der Kaiserin – Karoline Auguste von Bayern (Salon, Arbeitszimmer, Schlafzimmer) und noch vier ganz neu zugänglich gemachte Zimmer zur Erinnerung an die Aufenthalte der anderen Mitglieder der Herrscherfamilie Habsburger ( Schlafzimmer und Arbeitszimmer des Kaisers Franz Joseph I., kleiner Speisesaal, Jagdzimmer des Kronprinzen Rudolf). In diesen Innenräumen wurden seit dem Jahre 2013 stufenweise die Böden, Fenster, das historische Mobiliar inklusive der ursprünglichen Polsterung, das Deckengemälde und die Tapeten restauriert. Im Jahre 2018 wurde nach der Rekonstruktion das sog. Appartement der Erzherzogin Marie Therese von Braganza der Öffentlichkeit zugänglich gemacht, in deren Schlafzimmer eine einzigartige Schablonenbemalung entdeckt und restauriert wurde. Im Jahre 2019 wird das letzte beschädigte Zimmer rekonstruiert, in dem nach Vollendung der Renovierung an die Erzherzogin Elisabeth, die einzige Tochter des Kronprinzen Rudolf erinnert wird, welche im Jahre 1904 Zákupy als letzte aus der Familie besuchte. So können die Besucher den Zustand des beschädigten Raums mit den bereits renovierten Zimmern vergleichen. Als vorletzter Raum dieser Führungsrunde wird das Zimmer des ehrwürdigen Herrn gezeigt. Die Runde wird mit der Besichtigung der Kapelle des Heiligen Franz von Assisi abgeschlossen, wo am 1. Juli 1900 der Erzherzog Franz Ferdinand von Österreich-Este und die Gräfin Sophie Chotek von Chotkowa heirateten. Diese Führung führt durch die Innenräume des Nordflügels, den meisten Teil des Westflügels und die Kapelle im Erdgeschoss.